Şəki Azərbaycanın ən qədim şəhərlərindən biridir. Orta əsrlərə aid mənbələrdə onun adı Şaki, Şəka, Şakki və.s. kimi adlandırılmışdır.
Şəki şəhəri uzun müddət Nuxa da adlanmışdır. Qədim müəlliflərdən biri olan Ptolomey Alban şəhərləri içərisində "Niqa" adlı yaşayış məntəqəsinin olduğunu qeyd etmişdir. A.Bakıxanovun yazdığına görə Nuxa şəhəri yerinin vəziyyətinə görə həmin Naxiya və Naciya şəhəridir ki, qədim tarixlərdə Şirvan şəhərlərindən sayilirdi. A.Y.Krimski Niqanın sonrakı Nuxa olması mülahizəsinə şərik çıxır.
Lakin XIX əsrin başlanğıcında həmin mülahizənin əlehdarları da var idi. Akademik V.Dorn belə hesab edirdi ki, Niqa Liberiya ilə Alazan arasında olan sahədə yerləşirdi və onu Nuxa ilə eyniləşdirmək olmaz. "Nuxa" sözünün antik dövürdən bəlli olan Niqa məskəni ilə bağlılığı hələ mübahisəli bir məsələdir.
Şəki adı eramızdan əvvəl VII əsrdə Qara dənizin şimal sahillərində Dərbənd keçidi vasitəsilə Cənubi Qafqaza, oradan da Kiçik Asiyaya hərəkət edən sak tayfalarının adı ilə bağlıdır. Onlar Cənubi Qafqazda ən yaxşı torpaqları tutaraq bu yerlərə Sakasena adını verdilər. Sakların məskunlaşdığı ərazilərdən biri də Şəki idi.
I əsrdə Şəki Qafqaz Albaniyasının ən iri şəhərlərindən birinə çevrildi. Şərq kilsələrinin anası hesab olunan qədim Kiş Alban məbədi də məhz bu ərazidə yerləşirdi. İnzibati cəhətdən Qafqaz Albaniyası 11 vilayətə bölünürdü. Bunlardan biri də Albaniyanın şimal-qərbində yerləşən Şəki vilayəti idi. Ərəb istilası ərəfəsində Şəki Azərbaycanın mühüm siyasi və iqtisadi əhəmiyyətə malik olan şəhərlərindən biri oldu. Ərəb işğalları nəticəsində Şəki əyaləti III əmirliyin tərkibinə daxil edildi. Xilafətin zəiflədiyi bir dövrdə Şəkidə müstəqil knyazlıq yarandı.
XIV əsrin I yarısında Hülakilər dövləti iflasa uğradıqdan sonra Şirvanşahlar dövləti ilə yanaşı Şəki də müstəqillik qazandı və Orlat nəsli hakimiyyətə gəldi. 1551-ci ildə şah Təhmasib Şəkinin müstəqilliyinə son qoydu. Şəki Səfəvilər dövlətinə birləşdirildi. 1743-cü ildə yaranmış Şəki xanlığı Azərbaycan xanlıqları içərisində ən güclü feodal dövləti idi.
1772-ci ildə Kiş çayınin daşması nəticəsində qədim Şəki şəhəri demək olar ki, tamamilə məhv olmuş, şəhər əhalisinin bir qismi tələfata uğramış, bir qismi başqa yerlərə köçüb getmiş, bir qismi indiki şəhərin yerləşdiyi ərazidə məskən salmışdı.
1805-ci il Kürəkçay müqaviləsinə əsasən Şəki xanlığı Rusiyadan vassal asılılığına düşdü. 1813-cü il Gülüstan sülh müqaviləsi ilə ərazi qəti şəkildə Rusiyaya birləşdirildi. 1819-cu ildə Şəkidə xan üsul-idarəsi ləğv olundu. Xanlığın əvəzinə Şəki əyaləti yaradıldı.
1840-cı ildə Kaspi vilayətinin tərkibində Şəki qəzası yaradıldı. Qəza 1846-cı ildən Şamaxı quberniyasının tərkibinə daxil oldu və Nuxa qəzası adlandırıldı.
XIX əsrin II yarısında çar hökumət orqanları şəhəri idarə etmək üçün onu iki məhəlləyə Şəki və Qışlaq məhəllələrinə böldü. Bu dövrdə Qışlağın ərazisi hələ şəhər ərazisi ilə birləşməmişdi. Qala, qala ətrafı, ticarət və sənaye müəssisələri olan hissəsi şəhərin mərkəzi hesab olunur və iki hissəyə bölünürdü: yuxarı və ya ticarət hissəsi, aşağı və ya erməni hissəsi. Şəhər ətraflı hissələri Yuxarıbaş, Gəncəlibaşı və Nuxa -Qışlaq hesab edilirdi. Yuxarıbaş hələ XVIII əsrin sonu XIX əsrin əvvəllərində, Qaladan şərqə doğru salınmışdı.
Şəki ərazisi getdikcə böyüdüyü üçün çar hökumət orqanları şəhərdə əlavə iki inzibati məhəllə yaratdı və 1860-1865-ci illərdə şəhər artıq iki məhəlləyə deyil, 4 məhəlləyə bölünürdü. Birinci məhəlləyə Qala və onun ətraf yerləri, ikinci məhəlləyə şəhər ətrafları daxil edilmişdi və buranın əhalisi əsasən kənd təsərrüfatı ilə məşğul idi. Üçüycü məhəlləyə dabbaqxana daxil idi. Buraya başqa sənətkarlıq sahələri, o cümlədən boyaqçılıq daxil idi. Dördüncü məhəllə haqqında sənədlər məlumat vermir. Görünür bu məhəlləyə tacir və sənətkarların yerləşdiyi baş küçə və onun ətrafları daxil idi.
1859-cu ildə Nuxa qəzası Bakı quberniyasının, 1868-ci ildə isə Yelizavetpol quberniyasının tərkibinə daxil edildi.
1920-ci il may ayının 5-də Şəkidə sovet hakimiyyəti quruldu. 1930-cu ildə Azərbaycan SSR-nin inzibati ərazi bölcüsündə dəyişiklik edildi və Nuxa rayonu təşkil edildi. 1963-cü il yanvar ayının 4-də Nuxa rayonu ləğv edilərək ərazisi Vartaşen rayonuna verildi, respublika tabeçiliyində Nuxa şəhəri yaradıldı. 1965-ci ildən yenidən müstəqil Nuxa rayonu təşkil edildi. 1968-ci ildən ərazi Şəki şəhəri adlanmağa başladı.