Alimlərin apardıqları tədqiqatlar, müəyyən dövrlərdə aparılan arxeoloji qazıntılar zamanı tapılan əşyalar, bu günə kimi qalmış bəzi tikili abidələr və kurqanlar deməyə əsas verir ki, Balakən qədim yaşayış məskəni olmuşdur.
Yazılı qaynaqların verdiyi məlumatlara görə Balakən qədim Albaniya dövlətinin ərazisinə daxil olmuşdur. Eramızdan əvvəl 65-ci ildə Roma və Alban qoşunları arasında Alazan (Qanıx) çayı sahilində baş verən döyüşdə iştirak edən qədim Yunan tarixçisi Plutarx yazırdı ki, bu yerlərin əhalisi sakit təbiətli, məğrur, döyüşdə cəsurdurlar. Bu gün də işlədilən Hetovlar (Hertləri xatırladan), Hunbulçay (Hunları xatırladan), inqiloylar (qerləri xatırladan) və s. toponimlərin tədqiqi sübut edir ki, ən qədim zamanlardan başlayaraq türkdilli tayfalar bu bölgənin daimi sakinləri olmuşlar.
XI əsrə qədər bu bölgə Qədim Qafqaz Albaniyasının şimal-qərbində yaşayan türklərin, inqiloyların, və avarların əcdadları hesab olunan lek,qel, lpin və s. tayfaların məskəni olmuşdur.
Bu ərazi bol təbii sərvətlərə, münbit torpaqlara malik olduğuna və mühüm strateji əhəmiyyət kəsb etdiyinə görə həmişə xarici qüvvələrin, yad dövlətlərin maraq dairəsində olmuş, ayrı-ayrı vaxtlarda müharibə və mübarizə meydanına çevrilmişdir.
Eyni zamanda bu ərazi həmişə qəsbkarlara qarşı sipər rolunu oynamış, işğalçıların Azərbaycanın içərilərinə doğru irəliləməsi zamanı ilk zərbəni də cox vaxt məhz buranın yerli sakinləri qarşılamalı olmuşlar. Bura kömək diləyiylə gələn ehtiramla qarşılanıb, bəd niyyətlə gələnlər isə layıqli cəzasını almışlar.
Rayonun ərazisində və əhalinin həyətlərində təsərrüfat və məişət əhəmiyyətli qazıntılar zamanı məbədlərin və tikililərin qalıqları, bir neçə yerdə küp qəbirləri aşkar edilmişdir. Bu da rayonun qədim tarixə malik olduğunu əyani olaraq sübut edir.
Balakən rayonunun tarixinin araşdırılması üçün arxeoloqların və Milli Elmlər Akademiyasının əməkdaşlarının bu işə cəlb olunmasına ehtiyac vardır.
Bu ərazi bizim eranın VII əsrində ərəb işğalçıları tərəfindən zəbt olunmuş və Balakən şəhəri dağıdılmışdır. IX - X əsrlərdə ərəb xilafətinin süqutundan sonra bu ərazi müstəqillik qazanmışdır və iqtisadi əlaqələrini Şəki şəhəri ilə qurmuşdur. Həmin dövrlərdə Balakəndə ipəkçilik inkişaf etmişdir.
Balakən inzibati rayon kimi 1930-cu ildə təşkil edilmişdir. 1963-cü ildə Zaqatala rayonuna birləşdirilmiş, 1965-ci ildə yenidən müstəqil rayon olmuşdur. 1946 - 1965-ci illərdə rayonun inzibati mərkəzi Balakən qəsəbəsi, 1965-ci ildən isə Balakən şəhəridir.