Balakən rayon Mərkəzi Xəstəxanası 1939-cu ildə yaradılmışdır. O dövrdə xəstəxana doğum şöbəsi ilə birlikdə 30-40 çarpayıdan ibarət olmaqla uyğunlaşdırılmış 1 mərtəbəli binada yerləşdirilmişdir. Xəstəxanada vərəm və digər yoluxucu xəstəliklər üçün palatalar olmuşdur.1990-cı ildə Mərkəzi rayon Xəstəxanası üçün layihə əsasında 300 çarpayılıq bina tikilmişdir. 1990-cı ildən Mərkəzi rayon xəstəxanası yeni binada fəaliyyət göstərir. 2010-cu ildə aparılmış islahatlarla əlaqədar rayonda xəstəxana çarpayılarının ümumi sayı 212-yə endirilmişdir. (Mərkəzi Xəstəxana 187, Qabaqçöl qəsəbə xəstəxanası 25 çarpayı)
Balakən rayon Mərkəzi Xəstəxanası rayon əhalisinə aşağıdakı ixtisaslaşdırılmış tibbi xidmətləri göstərir.
Kardiologiya
Anesteziologiya və reanimasiya
Təcili və Təxirəsalınmaz yardım
Urologiya
Nevrologiya
Fizioterapiya
İnfeksion xəstəliklər
Laboratoriya
Otolorinqologiya Narkoloji
Oftolmologiya Təcili Tibbi Yardım
Terapiya Ultrasəs müayinəsi
Cərrahiyyə Rentgenolojiya
Funksional diaqnostika Dəri-Zöhrəvi
Qadın məstəhətxanası Pediatriya
Doğum şöbəsi Ftiziatriya
Ginekologiya
Stomotologiya
Rayonda Mərkəzi poliklinika, 1 qəsəbə xəstəxanası, 14 kənd həkim məntəqəsi və 16 feldşer-mama məntəqəsi vardır.
Rayonda məskunlaşmış qaçqın və məcburi köçkünlər, həmçinin Böyük Vətən və Qarabağ müharibəsi əlilləri vaxtaşırı tibbi müayinədən keçirilir, ehtiyacı olanlara pulsuz dərman verilir və yaxud stasionar müalicəyə cəlb olunur.
Hesabat dövründə əhaliyə səhiyyə xidmətlərinin göstərilməsi sahəsində rəqəmlərin təhlilindən görünür ki, 2013-cü ildə xəstəxanalara 3639 nəfər və ya 2012-ci ildəkindən 244 nəfər çox xəstə daxil olmuş və müalicə almışdır. Xəstəxanalara edilən müraciətlərin artmasına əvvəlki illərdə paytaxt və bölgə xəstəxanalarına üz tutan xəstələrin rayon xəstəxanasında müayinə və müalicəyə üstünlük verməsi səbəb olmuşdur. İl ərzində 692 cərrahiyyə əməliyyatı aparılmış, 1206 uşaq doğulmuşdur. 1 yaşa qədər uşaq ölümü 2,2 promil təşkil etmişdir. Respublika üzrə isə bu göstərici 13 promildir.
Balakən şəhərinin Heydər Əliyev prospektində Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin təşəbbüsü və göstərişinə əsasən Dövlət Neft Şirkətinin vəsaiti hesabına Respublikada analoqu olmayan 235 çarpayılıq xəstəxana binasının tikintisi başa çatmışdır. Xəstəxana dünya standartlarına uyğun müasir tibbi avadanlıqlarla təhciz edilmişdir.