Şəki dünya okeanı səviyyəsindən 500-850 m hündürlükdə yerləşir. Baş Qafqaz silsiləsinin qarlı zirvələrinin yüksəkliyi bəzi yerlərdə 3000-3500 m-ə çatır. Dağlarda Yura, Təbaşir, dağ ətəklərində Neogen və Antropogen söküntüləri yayılmışdır. Günəşli saatların illik miqdarı 2350 saatdır. Günəşli saatların 40%-i yay aylarının payına düşür. İl ərzində 1sm2 səthə 122 kkal günəş radiasiyası düşür. Şəkinin iqliminə siklon və antisiklonlar, müxtəlif hava kütlələri və yerli küləklər təsir edir. Qışqa arktika və mülayim hava kütlələrinin əraziyə daxil olması nəticəsində havalar kəskin soyuyur, yayda tropik havaların daxil olması havanın isti keçməsinə səbəb olur. Yayda Şəkidə dağ-dərə yerli küləkləri əmələ gəlir. Buna səbəb dağ ilə dərə arasında təzyiq fərqinin yaranmasıdır. Böyük Qafqaz silsiləsi şimaldan gələn soyuq küləklərin qarşısını kəsir. Buna görə Şəkidə yanvar temperaturu 0,50 olur. Şəkidə orta illik temperatur 120-dir. İyun, avqust aylarında orta temperatur 200-250 arasında dəyişir.

Güclü küləklər (surəti 15 m/san çox) Şəkidə seyrək hallarda əsir il ərzində cəmi 10-12 gün güclü külək olur. Surəti saniyədə 1m-dən az olan fəlakətli hava Şəkidə tez-tez müşahidə edilir. Yağıntının miqdarı ildə 730 mm-dir. Bunun yarisi may, iyun, sentyabr, oktyabr aylarında yağır. Ən az yağıntı avqust (35mm), yanvar (29mm) və fevralda (36 mm) olur. Kiş kəndində 775 mm, Xan yaylağında 1000 mm-dən artıq yağıntı düşür. Sel, tufan, güclü dolu kimi təbiət hadisələri Şəkidə və onu əhatə edən dağ və düzənliklər üçün səciyəvidir.
Sel hadisəsi daha tez-tez müşahidə edilir. Yatağı şəhərin qərb hissəsinə yaxın olan Kiş çayı hövzəsi dünyanın ən güclü sel gedən yerlərindən biridir. Quruçay adlanan yerdə Kiş çayının gətirmə konusuna uzun illər boyu dağlardan qum, daş, palçıq toplanmış olduğundan onun mərkəzi hissəsi şəhərin Dodu məhəlləsinə nisbətən hündürdür.
Tufan və dolu. Bu iki atmosfer hadisəsinin sıx əlaqəsi var. Dağlıq relyef, yay aylarında güclü qızma və yüksək buxarlanma Şəkidə dolu hadisələrinin əsas amilləridir. Dünyada ən böyük dolu parçaları Şəki rayonunda 1850-ci ildə qeydə alınmışdır. Hadisə Tbilisidə çıxan Daxili İşlər Nazirliyinin jurnalında tasvir edilmişdir. Jurnalda xəbər verilirdi ki, ağırlığı 10 kq-a çatan buz parçaları damların üstündə hörülmüş 7 qat qamışı qırıb keçmişdir. Şəkidə dolu olan günlərin orta illik sayı 1,4 -dür, yəni 10 ildə 14 dəfə dolu yağır.
Dəniz səviyyəsindən 500-850 m. Hündürlük ətrafında olan dağ meşələri şəhərin qızmasının qarşısına alır. Dağ meşələri şəhərin sellərdən qorunmasina imkan verir, şəhərin mənzərəsini daha da gözəlləşdirir.
Şəki rekreasiya obyektlərinin zənginliyinə görə Azərbaycanın başqa kurort yerlərindən fərqlənir. Marxalda, Soyuqbulaqda, Gələrsən-görərsən qalası yaxınlığında yaradılan istirahət və xidmət obyektləri, turist bazası şəhərin rekreasiya imkanlarını daha da artırır.
Cimli dağ-çəmən, qonur dağ meşə, qəhvəyi dağ meşə, çəmən-meşə, boz qonur torpaqlar yayılmışdır. Meşələrdə palıd, fıstıq, vələs ağacları geniş sahə tutur. Heyvanat aləmi zəngindir.
Şəhərin əsas çayları Kiş və Qurcana çaylarıdır. Kiş əyriçayının sağ qolu olub uzunluğu 33 km, hğvzəsinin sahəsi 265 km2-dir. Baş Qafqaz silsiləsinin cənub yamacından 2900 metr yüksəklikdən başlayır. İllik axın həcmi 116 min m3-dir. Zaqafqaziyanın ən selli çaylarından biridir. Yuxarı axında Damarçın adlanır.